开创镰仓幕府
藤原泰衡杀义经的目的是为了自保，他以为只要交出义经，源赖朝就没有对奥州动兵的口实。他没想过如果义经还在，源赖朝还会对奥州顾忌三分，现在义经一死，源赖朝再不犹豫，出动号称二十八万的大军，向奥州发动了猛烈进攻。短短一个月之内，奥州藤原氏四代基业土崩瓦解。日本国北部的六郡全部被平定，归入赖朝帐下。
随着奥州被平定，自治承四年源赖朝起兵讨伐平氏以来，延续十年的日本战乱宣告结束。源赖朝成为最后的赢家，他的镰仓政权也成了全国的武家中心。
建久元年（1190年），源赖朝率军进京，住进了当年平清盛在京城的住所六波罗邸。源赖朝入京有两大目的，第一是炫耀武力，第二是希望捞取政治资本，进一步巩固镰仓政权。
可是朝廷不好对付，特别是老奸巨滑、被源赖朝称为日本第一大天狗的后白河法皇，他希望能够把武士集团牢牢控制在自己手里。源赖朝希望得到征夷大将军的封号，但是后白河法皇偏偏不给他，而是授予源赖朝权大纳言兼右近卫大将的官职。虽然右近卫大将是日本律令制下的武官最高职务，但是还得受兵部卿的管辖，而征夷大将军是非常设的令外官，只有国家有兵事的时候，才会任命征夷大将军统帅军队。源赖朝想当征夷大将军，就是要剥夺朝廷的兵权。法皇非常聪明，坚决要把源赖朝限制在体制内，不能让他到体制外胡作非为。
源赖朝出任了权大纳言兼右近卫大将不足一个月就宣布辞官，表示自己不愿意在体制内混，要另立山头，准备单干。朝廷没办法，只好封源赖朝为天下总追捕使，赋予他维持天下治安的权力。源赖朝得到这个官职之后还不满足，但是他的特点就是能忍耐。他对当时的摄政九条兼实说：“等到法皇万岁之后，就该你我共同掌握政权了。”
建久三年（1192年），源赖朝最头疼的政敌后白河法皇驾崩，时年六十六岁。他一死，在朝中亲镰仓派的运作下，朝廷正式任命源赖朝为征夷大将军。镰仓幕府隆重成立。
镰仓幕府是日本第一个幕府政权，源赖朝是镰仓幕府的开创者，也就成为日本幕府政权的开创者。
镰仓幕府下属的武士被称为御家人，御家人们称呼源赖朝为镰仓殿。幕府设立三大机构：侍所，管理全国的御家人，行使治安权；公文所，处理政务和财政；问住所，管理刑事诉讼。
源赖朝建立了一个完全不同于平家政权的武家政权，抛弃昔日朝廷的公家体系，另起炉灶。这在日本历史上是开天辟地的头一回。
可惜，源赖朝当上将军之后没几年就死了，而且死得非常蹊跷。
为他人做嫁衣裳
源赖朝为人刻薄寡恩，凡是可能对他构成威胁的人都难逃他的毒手。
源赖朝的弟弟们基本上凋零殆尽，只有四弟源范赖一直对他小心翼翼、忠心耿耿，极尽谄媚之能事。但有一次赖朝外出打猎，遇到了袭击，部下两个人替他送了命。消息传到镰仓，误传成赖朝身死，赖朝的夫人北条政子十分惊慌。这个时候源范赖说了一句：“不要害怕，有范赖在。”其实这句话是好意，意思说我罩着你，你别害怕。
等到源赖朝一回来，认为源范赖此话暗含夺权之意，怎么着？我死了，有你在？你想夺权是吧？开始对范赖起了疑心。范赖这个时候也不能犯赖了，据说写了一千张悔过状，向哥哥表示自己的悔过之情。但是哥哥仍然不依不饶，可怜源范赖因为一句话，前功尽毁，被逼无奈，只好自尽了。
源赖朝对兄弟们这么刻薄，自己也没得到好下场。1199年，他在一次骑马的时候，坠马身死。源赖朝之死，在日本历史上也是一个谜。他的死因有各种说法，有人认为他是被害死的。
源赖朝死后，他的两个儿子，长子赖家和次子实朝相继继位，两个人也都没得到好下场。二代将军赖家，妻子家和母亲家发生了争执，以致赖家被杀，死的时候只有二十三岁。三代将军实朝，作为赖家的弟弟继位，被赖家的次子、也就是赖朝的孙子公晓杀害。公晓杀了实朝之后的第二天，也被杀害了。源赖家的其他三个儿子也都先后非正常死亡。而三代将军实朝并没有生下一男半女。
源家三代将军在位一共二十七年，镰仓幕府创立者源赖朝的男系血统就此全部灭绝。即便从旁系血统上来看，适合担任将军职位的人一个也没有了。从此，镰仓幕府的将军一职只能从京都迎请公卿贵族甚至由皇族来担任。但是将军也被架空，不掌实权，跟天皇一样，由源氏的外戚北条一族担任幕府的执权，成了幕府实际上的领导者。
源赖朝辛苦半生，为他人做了嫁衣裳，最后政权落入岳父一族手中。源家太能自相残杀了，平家灭亡是战死在疆场上，源家灭亡却是因为骨肉之争，下场比平家更为悲惨。
上皇想夺权
镰仓幕府第三代将军源实朝被暗杀的消息传到京都已经是承久元年（1219年）了，当时日本皇室实际上的当家人是后鸟羽上皇。
后鸟羽上皇接到第三代将军被杀的消息之后，悲喜至极，百感交集。在他看来，镰仓政权对皇室威胁很大。特别是镰仓政权实行的守护和地头制度，把朝廷的大权完全剥夺了。镰仓派到京都来的守护，表面上是护卫，实际上是监视。堂堂天皇之尊，竟然受到陪臣的监视，简直是奇耻大辱。
实朝在位的时候，跟天皇还讲点儿君臣之礼，实朝一死，天皇觉得镰仓剩下的那帮关东武士，浑身马粪味的粗人，根本就没法控制。这帮粗人有权有势，有刀有兵，怎么对付？这让上皇很费脑筋。
后鸟羽上皇是高仓天皇的次子，是在平家政权覆灭之后，才由源氏扶持登上皇位的，也是日本第一位少了传国神剑的天皇。他多才多艺，诗歌方面很有成就，也好耍刀弄剑。
在镰仓幕府成立之后，他屡受镰仓幕府的嫌弃。当时的摄政九条兼实跟镰仓幕府一个鼻孔出气，很让天皇不爽。后鸟羽觉得，要想改变自己的命运，必须学习关东。因为关西的公卿贵族，包括民风都太柔弱了，不如关东武士骁勇善斗。
为了能把权力从幕府手里夺回来，后鸟羽带头示范，勤习武艺，还亲手铸造刀剑，并在上面刻上菊花纹，赏赐给随从。从此菊花纹成了日本皇室特有的纹章，只有皇室才能用这种纹章。二次大战时的日本军舰上、靖国神社的大门上都有这种皇家专属的纹章。
另外，他大量蓄养武士。除了父祖时期设立的北面武士之外，又招纳了很多西面武士。他罢免了与幕府关系密切的九条兼实，大量启用反幕府人士。可惜的是，天皇专政早已经消散在历史的云烟里，天皇时代已经过去了。后鸟羽上皇不明时势，还梦想着有朝一日天皇家能够掌权。
实朝一死，源氏的男性血脉断绝。当时幕府的执权北条家派人上奏天皇，要求派一位皇子东来做将军。后鸟羽上皇没有答应，而是派了使者去镰仓吊丧。同时，他提出要罢免两位镰仓幕府的地头。
当时，北条当家人北条义时特地派人率精兵来到京都，准备迎皇子东来做将军。但是上皇坚持，先得罢免地头，才给派皇子，双方僵持不下。源赖朝的遗孀北条政子做主，让藤原氏的后人继位为征夷大将军，政子夫人继续在幕后垂帘听政，由北条义时来辅佐这位将军。
上皇勃然大怒，认为暴力是幕府唯一听得懂的语言，要想让幕府听话，只有起兵对抗幕府。手下的公卿大臣纷纷劝阻上皇，幕府的势力太大了，以天皇家目前的实力根本不足以对抗幕府，您千万不能轻举妄动。但是上皇非常坚决，他觉得长子土御门天皇才干平平，不足以担当讨幕大业，于是强迫长子退位，让位给次子顺德天皇。为了保证顺德天皇专心主管军事，又让顺德让位给仲恭天皇。这一下，朝廷中就出现了三位上皇，一位天皇。
当时上皇最宠幸的西面武士头叫藤原秀康，他跟上皇拍胸脯，一定能够讨幕成功。另外，镰仓派到京都来卫戍的武士三浦胤义也倒向了天皇一方。
陪陛下打战玩儿
承久三年（1221年）五月，后鸟羽上皇认为时机成熟，抢先发动攻击，把京都中亲镰仓的人一个个拘禁起来，还把幕府的代表招来囚禁斩杀。然后上皇下诏，要求五畿七道讨伐幕府。
当时上皇大会诸将，问关东到底有多少人是北条义时的死党。三浦胤义跟上皇说顶多千把号人。上皇一番比较，自己手下有两万人马，觉得讨伐幕府定能成功。于是派出使者携带诏书到镰仓，呼吁关东豪杰起兵反抗北条氏，归顺朝廷。一时间，关东豪杰人心惶惶，毕竟朝廷占据着道义的上风。天皇要讨伐谁，谁就是朝敌。
值此幕府危急时刻，源赖朝的遗孀北条政子挺身而出，聚集关东诸将，发表了一场演说，给大家做了个战前动员：大将军源赖朝征伐朝敌，草创关东，你们今天能有这个官位俸禄，是赖朝公的恩惠，赖朝公对你们的恩惠比山高，情义比海深。你们是要忘记赖朝公的恩惠投靠朝廷，还是感念赖朝公的恩德在镰仓奉公，你们今天决定吧。
大小武士听了北条政子的一番话，无不流泪伤感，纷纷宣誓，要效忠镰仓，跟京都决战。
幕府派出十九万大军从镰仓出发进攻京都，幕府军总大将是北条政子的外甥北条泰时。大军出发后，执权北条义时将上皇派来的使者放回京都给上皇回奏：臣本无罪，既然被讨伐，不敢逃避。听说陛下您好战，我先派我两个儿子带领十几万人来，跟陛下打一打，让陛下您瞧个乐。如果您觉得打十几万人不过瘾，臣还准备了二十万人，届时臣将亲自率领，陪陛下您打着玩儿。
上皇一开始还很乐观，认为幕府内部必然会生变，关东武士一定有忠义之人背叛幕府、投效朝廷。可惜这只是他的一厢情愿。双方一接战，上皇最信任的武士首领藤原秀康先跑了。主帅一跑，官军中虽然还有忠勇之士，但是根本不经打，全作鸟兽散，幕府军一路冲进了京都。
北条泰实在进攻京都的路上，接到了上皇的侍臣带来的谕旨，意思是讨幕一事不是我干的，跟我没关系，是臣僚所为。如果你要问罪，找臣僚问罪，千万别骚扰我。
上皇一封诏书将自己的责任推得干干净净，也不管属下的死活。上皇手下的大将山田重忠和三浦胤义在激战中突围，逃到皇城，夜叩宫门，以求庇护，上皇竟然闭门不纳。气得山田重忠敲着宫门大骂：懦主误我！追随上皇讨幕的一干大将武士只好全部自尽了。
幕府宣布了对皇室的处分，虽然天皇是不能杀的，但必须受到严惩，后鸟羽上皇、土御门上皇、顺德上皇全部充军；后鸟羽上皇的两位皇子——雅成亲王和赖仁亲王也被充军；刚刚继位七十天的仲恭天皇被废，由幕府另立后堀河天皇。
这就是日本历史上著名的“承久之乱”。皇室经此变乱，尊严丧尽，三位上皇都充了军，天皇被废，虽然保全性命，但是威信无存，政治重心彻底被幕府取代。
从此日本皇室在政坛上隐退，幕府成了日本真正的政治权力中心。从此以后，即便是英明的天皇想要复辟，在老百姓的心目当中，也会认为是天皇叛逆不道，称之为“天皇御谋叛”。
这种观念形成以后，维持了将近六百年，一直到明治维新的时候，才有了转变。